祖师殿古名洞天观，初建于晋，北宋时改名清都观，明末毁损，清代重建。因供奉真武大帝和三丰祖师，故名真武宫，又叫祖师殿。古迹有唐代薛昌浴丹井、杜光庭读书台、清代云松塔，以及抗日将军冯玉祥所建“闻胜亭”和碑记。1982年，祖师殿被定为全国道教重点宫观，1993年，新建了灵宫殿及客房。现存殿宇建于清同治四年（1865）。殿内供奉真武大帝、东岳大帝、吕洞宾及张三丰塑像。据载唐代薛昌、唐末五代杜光庭、宋代张愈、费元规等道士曾在此地隐居。现有相传为杜光庭读书处的读书台。南宋陆游《游杜光庭读书台》诗云：山中犹有读书台，风扫晴岚画障开。华月冰壶依旧在，青莲居士几时来。祖师殿附近有闻胜亭、问道亭。闻胜亭为冯玉祥所建。抗日战争期间，冯玉祥寓居于此，闻日本投降，喜而建此亭以为纪念。问道亭相传是黄帝拜见仙人宁封子问道处。祖师殿后有薛昌浴丹池、云松塔、轩辕台等古迹。浴丹池现还有遗迹尚存，云松塔、轩辕台皆毁。

祖师殿背靠轩辕峰，面对白云溪，环境十分清幽。殿右有小道，直登天仓三十六峰之轩皇顶，可俯瞰青城前后山风光。